H1N1和非典相比，非典比H1N1要严重得多。因为H1N1属于流感病毒，流感病毒感染主要的病变是在上呼吸道，而非典主要的病变是在下呼吸道，主要引起肺炎，肺炎和上呼吸道相比，肯定是肺炎病情要严重一些，而且病死率也比上呼吸道感染要高。非典流行期间，病死率基本上达到10%左右。而H1N1病死率基本上在0.1%左右。所以两者病死率的差别非常大，很显然非典的严重性比H1N1要严重得多。
H1N1本身属于甲型流感病毒，目前有比较特效的抗病毒药物治疗，诊断之后应用奥司他韦治疗之后，多数患者能够早期控制住病毒，病情不致于加重。非典缺乏特效的抗病毒药物治疗，目前还没有研发出针对非典病毒有特效的抗病毒药物，感染之后患者病情不能够早期控制，病情容易加重，所以死亡率也明显增加。